| General information of RDP00692 | |
|---|---|
| Gene Symbol: | LINC02107 |
| RefSeq ID: | NR_147009 |
| Repeat coordinate: | chr5:38134337-38134430 (+) |
| Repeat size: | 31 |
| Repeat region: | intron |
| Repeat unit: | GAA |
| Repeat conservation: | PhastCons_score: 0.018; Repeat Conservation from UCSC Genome Browser |
| Amino acid sequence: | - |
| Gene expression and GO annotation: | BioGPS |
| Protein expression: | Human Protein Altas |
| Gene conservation: | Gene Conservation from UCSC Genome Browser |
| Mapping repeat track to gnomAD: |
|---|
Chr
Pos
dbSNP_ID
Ref
Alt
Qual
5
38134332
.
AAGAAAGAAGAAGAAGAAGAAG
AAAG,AAAGAAG,AAAGAAGAAG,A
1339.54
5
38134335
rs28452939
AAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAG
AAAG,AAAGAAG,AAAGAAGAAG,A,AAAGAAGAAGAAGAAG,AAAGAAGAAGAAG
75081.88
5
38134336
.
AAG
A
249448.38
5
38134339
.
AAG
A
187558.46
5
38134340
.
A
G
186694.97
5
38134346
rs528253994
A
G
172933.24
5
38134347
.
G
A
261239.09
5
38134348
.
AAG
A
161549.70
5
38134350
rs76966809
G
C
4206734.97
5
38134351
.
AAG
A
132975.62
5
38134356
rs77638060
G
C
4297142.69
5
38134357
.
AAG
A
104060.38
5
38134358
.
AG
A,GG
165324.06
5
38134359
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAC
G
345031.72
5
38134361
.
A
G
234677.32
5
38134362
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAC
G
393770.56
5
38134365
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAC
G
439797.92
5
38134366
rs375303419
A
C
454812.99
5
38134368
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAC
G
469741.02
5
38134371
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAC
G
549058.05
5
38134374
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAC
G,CAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAC,GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAC
663921.59
5
38134375
.
A
C
547065.98
5
38134376
.
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
AGAG,A,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
648838.70
5
38134377
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA
GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,GAAGAAGAAGAAGAA,CAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,G,AAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA
643225.96
5
38134379
.
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
A,AGAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG,TGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
703537.27
5
38134380
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA
GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,G,CAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,GGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,GAAGAAGAAGAAGAA
4110498.95
5
38134382
rs76483785
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG
GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG,AGAGGAGGAG,AGAGGAG,A
886445.56
5
38134383
rs538840261
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA
G,CAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,GAAGAAGAAGAAGAA,GGAAGAAGAA
4150908.58
5
38134385
rs77241747
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG
AGAGGAGGAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG,AGAGGAG,A,AAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG
4229733.35
5
38134386
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAA
GAAGAA,G,GGAAGAAGAACAAGAA,CAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAA,GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAA
4300785.91
5
38134387
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAG
GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAG,A
4290755.34
5
38134388
rs77366427
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG
AGAGGAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG,AGAGGAGGAG,A
4450603.73
5
38134389
rs559021863
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,CAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,GGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,G
4490550.97
5
38134390
.
A
G
4491588.19
5
38134391
rs75810636
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
A,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG,AGAG
4891236.26
5
38134392
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,G,GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,CAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,GGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
5036330.17
5
38134394
rs867785598
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG,A,AGAG
5252436.96
5
38134395
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,GGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,G,CAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
5376621.28
5
38134397
rs868051498
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG
AGAGGAG,AGAGGAGGAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG,A,AGAG
5863946.83
5
38134398
rs572678237
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
GGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,TAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,G,GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
5903208.64
5
38134400
rs867842922
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG
AGAGGAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG,AGAGGAGGAG,AGAG,A
6529056.77
5
38134401
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAC
G,GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAC,TAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAC,CAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAC,GGAAGAAGAAC
6539678.97
5
38134403
rs796631509
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG
AGAGGAG,AGAGGAGGAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG,AGAG,A
7287400.50
5
38134404
rs534979650
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
G,GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,CAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,GGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
7297912.44
5
38134406
rs13159727
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG
AGAGGAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG,AGAGGAGGAG,AGAG,A
7943159.85
5
38134407
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAA
GGAGGAGGAGGAGGAA,CAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAA,GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAA,GAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAA,G
7915562.07
5
38134409
rs547461319
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG
AGAGGAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG,AGAGGAGGAG,AGAG,A
8356522.91
5
38134410
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA
TAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,CAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,GAAGAAGAAGAAGAA,GAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,G
8333979.15
5
38134412
rs761020273
AGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG
AGAGGAG,GGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAG,AGAGGAGGAG,A,AGAG
8488311.82
5
38134413
rs867205884
GAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
TAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,G,GAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA,CAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
8480457.31
5
38134414
.
A
AGG
8466257.84
5
38134415
rs13159732
AGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAG
AGAG,AGAGGAG,GGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAG,A
8580986.83
5
38134416
.
GAAGAAGAAGAAGAAC
GAGAAGAAGAAGAAC,G,TAAGAAGAAGAAGAAC,CAAGAAGAAGAAGAAC,GGAAGAAGAAC
8584487.93
5
38134417
.
A
G
8565611.78
5
38134418
rs13159733
AGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
A,GGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG,AGAG
8647919.26
5
38134419
rs538659086
GAAGAAGAAGAAC
GAGAAGAAGAAC,G,CAAGAAGAAGAAC,GGAAGAAGAAC,TAAGAAGAAGAAC
8673729.07
5
38134420
.
A
G
8654658.64
5
38134421
rs796424429
AGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAG
AGAG,GGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAG,AGAGGAG,AGAGGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAG,A
8681547.52
5
38134422
.
GAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA
GGAAGAAGAAGAA,G,TAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,GAAGAAGAAGAAGAA,GAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA
8569742.58
5
38134423
.
A
G
8557182.56
5
38134424
rs13159738
AGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
A,AGAG,GGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
8587200.70
5
38134425
rs367997868
GAAGAACAAGAAGAAGAAGAA
CAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,GAAGAAGAAGAAGAA,TAAGAACAAGAAGAAGAAGAA,GAGAACAAGAAGAAGAAGAA,G
8761669.16
5
38134426
.
A
G
8466442.34
5
38134427
.
AGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
GGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG,AGAG,A
8483372.43
5
38134428
rs796923502
GAACAAGAAGAAGAAGAAGAA
TAACAAGAAGAAGAAGAAGAA,GAAGAAGAAGAAGAAGAA,GGAA,G,GAGAAGAAGAAGAAGAA
8480373.64
5
38134430
.
ACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
AGAG,A
8494204.98
| Mapping repeat track to Kaviar: |
|---|
Chr
Pos
dbSNP_ID
Ref
Alt
Qual
5
38134336
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAA
G
.
5
38134344
rs771457897
G
GA
.
5
38134346
rs528253994
A
G
.
5
38134346
.
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAG
GGAGGAAG
.
5
38134349
.
A
G
.
5
38134350
rs76966809
G
C
.
5
38134350
.
GAAGAAG
CAAGAAC
.
5
38134352
.
A
G
.
5
38134355
.
A
G
.
5
38134355
.
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAA
G
.
5
38134356
rs77638060
G
C
.
5
38134356
.
GAAGAAGA
CAAGAAGA
.
5
38134358
.
A
G
.
5
38134361
.
A
G
.
5
38134362
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
GAGGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAA
.
5
38134364
.
A
G
.
5
38134365
.
G
C
.
5
38134366
rs375303419
AAG
A
.
5
38134367
.
A
G
.
5
38134367
.
AGAA
GGAG
.
5
38134367
.
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAA
GGAGGAG
.
5
38134368
.
G
C
.
5
38134370
.
A
G
.
5
38134371
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAA
.
5
38134372
.
AAGAAG
AAGAAC
.
5
38134373
.
A
G
.
5
38134376
.
A
G
.
5
38134377
.
G
GA
.
5
38134379
.
A
G
.
5
38134380
.
G
C
.
5
38134380
.
G
GA
.
5
38134382
rs76483785
A
G
.
5
38134383
rs538840261
G
C,T
.
5
38134383
.
G
GA
.
5
38134385
rs77241747
A
G
.
5
38134386
.
G
C
.
5
38134386
.
G
GA
.
5
38134388
rs77366427
A
G
.
5
38134389
rs559021863
G
C,T
.
5
38134389
.
G
GA
.
5
38134391
rs75810636
A
G
.
5
38134392
.
G
T
.
5
38134392
.
G
GA
.
5
38134394
.
A
G
.
5
38134395
.
G
T
.
5
38134395
.
G
GA
.
5
38134397
.
A
G
.
5
38134397
rs559283858
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
A
.
5
38134398
rs572678237
G
C
.
5
38134398
.
G
GA
.
5
38134400
.
A
G
.
5
38134401
.
G
C
.
5
38134401
.
G
GA
.
5
38134403
rs796631509
A
G
.
5
38134403
.
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
A
.
5
38134404
rs534979650
G
C
.
5
38134404
.
G
GA
.
5
38134406
rs13159727
A
G,GGAG
.
5
38134407
.
G
C
.
5
38134407
.
G
GA
.
5
38134409
rs547461319
A
G
.
5
38134410
.
G
C,T
.
5
38134410
.
G
GA
.
5
38134412
rs761020273
A
G
.
5
38134415
rs13159732
A
G
.
5
38134418
rs13159733
A
G
.
5
38134419
rs538659086
G
C
.
5
38134421
rs796424429
A
G
.
5
38134424
rs13159738
A
G
.
5
38134425
rs367997868
G
C
.
5
38134426
.
AAGAACAA
AG
.
5
38134427
.
A
G
.
5
38134427
.
AGAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAG
A
.
5
38134428
rs796923502
G
C
.
5
38134430
.
A
G
.
5
38134430
.
ACAA
GGAG
.
5
38134430
.
ACAAGAA
GGAGGAA
.