| General information of RDP00690 | |
|---|---|
| Gene Symbol: | PLA1A |
| RefSeq ID: | NR_120610 |
| Repeat coordinate: | chr3:119622149-119622209 (+) |
| Repeat size: | 20 |
| Repeat region: | intron |
| Repeat unit: | GAA |
| Repeat conservation: | PhastCons_score: 0.081; Repeat Conservation from UCSC Genome Browser |
| Amino acid sequence: | - |
| Gene expression and GO annotation: | BioGPS |
| Protein expression: | Human Protein Altas |
| Gene conservation: | Gene Conservation from UCSC Genome Browser |
| Mapping repeat track to gnomAD: |
|---|
Chr
Pos
dbSNP_ID
Ref
Alt
Qual
3
119622146
rs7640159
GGAGGAAGAAGAA
GGAAGAA,GAAGAAGAGGAAGAAGAA,GGAA,G
6204.40
3
119622149
rs7640161
GGAAGAAGAAGAA
GGAA,GGAAGAAGAAGAAGAA,GGAAGAAGAAGAAGAAGAA,GGAAGAAGAA,GGAAGAA,G
3445970.40
3
119622150
.
GA
G
2922950.11
3
119622151
.
A
AGG
2909483.66
3
119622152
rs138773251
A
G,AG
2978279.40
3
119622153
.
GAAGAAGAAGAA
GGAAGAA,GGAAGAAGAA,G
2325105.92
3
119622154
rs59674762
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
2321632.72
3
119622155
rs55799129
A
G
2309896.78
3
119622158
.
A
G
1652895.05
3
119622160
.
A
G
878935.95
3
119622161
.
A
G
889998.57
3
119622163
rs796212178
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
AGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG,A
321141.83
3
119622164
rs56124183
A
AGGAGGAGGAG,G
324054.78
3
119622166
rs765107679
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A,AGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
2105665.72
3
119622167
rs56138018
A
G,AGGAGGAG,AGGAG
2103184.04
3
119622169
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
1984232.90
3
119622170
.
A
G
1994292.33
3
119622171
rs540328664
G
C
1965685.01
3
119622172
rs749411247
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
1963309.58
3
119622173
.
A
G,AGAG
1977358.09
3
119622175
rs574567487
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A,AAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
2992396.89
3
119622176
.
AGAAGAAGAAGAAG
GGAAGAAGAAGAAG,A
2975951.28
3
119622178
rs767828184
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
5788767.66
3
119622181
rs199946480
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
7221672.07
3
119622184
rs796262965
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
7344753.66
3
119622186
.
G
A
7343696
3
119622187
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
7384208.59
3
119622189
.
G
GAAA
7384050.51
3
119622190
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
7430910.50
3
119622191
rs150657077
A
AT
7430235.77
3
119622193
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A,GAGAAGAAGAAGAAGAAGG
7494484.42
3
119622194
rs144164673
AGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
7493052.45
3
119622196
rs796069637
AAGAAGAAGAAGAAGG
A
7627091.27
3
119622198
.
G
T
7625167.22
3
119622199
rs868413242
AAGAAGAAGAAGG
A
7712860
3
119622202
rs866320899
AAGAAGAAGG
A
7813106.81
3
119622205
.
AAGAAGG
A
7924424.74
3
119622208
.
AAGG
A
7995027.42
| Mapping repeat track to Kaviar: |
|---|
Chr
Pos
dbSNP_ID
Ref
Alt
Qual
3
119622131
.
GGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
GGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGA,GGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA
.
3
119622149
rs59447645
GGAA
G
.
3
119622149
rs71156759
GGAAGAAGAAGAA
G
.
3
119622149
.
GGAAGAAGAAGAAGAA
G
.
3
119622149
.
GGAAGAAGAAGAAGAAGAA
G
.
3
119622149
.
GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
G
.
3
119622150
.
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
GAAGAAGAAGAAGAAGA,GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA
.
3
119622150
.
GA
G
.
3
119622152
rs138773251
A
G
.
3
119622154
.
A
G
.
3
119622154
rs59674762
A
AGGAGG
.
3
119622155
rs55799129
A
G
.
3
119622157
.
A
G
.
3
119622157
rs56655793
A
AGG
.
3
119622158
.
A
G
.
3
119622161
.
A
G
.
3
119622163
rs796212178
AAG
A
.
3
119622164
rs56124183
A
G
.
3
119622166
.
A
G
.
3
119622166
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
.
3
119622166
rs765107679
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
AAGAAGAAGAAGA,A
.
3
119622167
rs56138018
A
G
.
3
119622169
.
A
AC
.
3
119622170
.
A
G
.
3
119622171
rs540328664
G
C
.
3
119622172
.
AAGAAGA
AAGGAGA
.
3
119622172
rs749411247
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
.
3
119622173
.
A
G
.
3
119622175
.
A
G
.
3
119622175
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
.
3
119622175
.
A
AC
.
3
119622175
rs574567487
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
AAGA,A
.
3
119622176
.
A
G
.
3
119622178
.
A
G
.
3
119622178
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
.
3
119622178
rs767828184
A
AC
.
3
119622178
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
AAGA,AAGACGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG,A
.
3
119622179
.
A
G
.
3
119622181
.
A
G
.
3
119622181
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
.
3
119622181
.
A
AC
.
3
119622181
rs199946480
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A,AGGAGGAAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA
.
3
119622182
rs564940785
A
G
.
3
119622184
rs796262965
A
G
.
3
119622184
.
A
AC
.
3
119622184
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
.
3
119622185
rs141724753
A
G
.
3
119622186
.
G
T
.
3
119622187
.
A
G
.
3
119622187
.
A
AC
.
3
119622188
rs139444051
A
G
.
3
119622189
.
G
T
.
3
119622190
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
.
3
119622191
rs150657077
A
G
.
3
119622193
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
.
3
119622193
.
AAGAAGAAGAAGAAGAAGG
A
.
3
119622194
rs144164673
A
G
.
3
119622196
rs796069637
A
G
.
3
119622199
.
A
AC
.
3
119622199
.
AAGAAGAAGAAGG
A
.
3
119622202
.
AAGAAGAAGG
AAGAAGAAGA,A
.
3
119622206
.
AGAAGG
AGA,AGAAGA
.
3
119622208
.
AAGG
A
.
3
119622209
.
AGG
AGA
.