| General information of RDP00604 | |
|---|---|
| Gene Symbol: | TNRC17 |
| RefSeq ID: | NR_146582 |
| Repeat coordinate: | chr2:235516055-235516094 (-) |
| Repeat size: | 13 |
| Repeat region: | exon |
| Repeat unit: | CAG |
| Repeat conservation: | PhastCons_score: 0.015; Repeat Conservation from UCSC Genome Browser |
| Amino acid sequence: | - |
| Gene expression and GO annotation: | BioGPS |
| Protein expression: | Human Protein Altas |
| Gene conservation: | Gene Conservation from UCSC Genome Browser |
| Mapping repeat track to 1000 Genomes: |
|---|
Chr
Pos
dbSNP_ID
Ref
Alt
Qual
2
235516070
.
G
GCTGCTGCTGCTGCTGCTC
100
| Mapping repeat track to gnomAD: |
|---|
Chr
Pos
dbSNP_ID
Ref
Alt
Qual
2
235516055
rs368215040
TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG
TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,T
13126812.28
2
235516059
.
C
CTGCTGCTGA
3849705.42
2
235516062
.
C
CTGCTGA
3807438.35
2
235516064
rs748943508
G
GCTGCT
3806449.36
2
235516065
.
C
T
3788530.54
2
235516066
rs769861528
TG
T
3787954.90
2
235516067
.
G
GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTC
3795448.66
2
235516068
.
CTGCTGCTGCTG
C
1057742.33
2
235516070
rs189425965
G
GCTGCTGCTGCTGCTGCTC,GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTC,GCTGCTC,GCTGCTGCTC
3850241.50
2
235516073
.
G
GCTGCTGCTGCTGCTC,GCTC
684190.26
2
235516076
rs192425310
G
GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTT,GCTGCTGCTGCTGCTGCTT,GCTGCTGCTGCTGCTT,GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTT
1266111.29
2
235516085
rs202152399
G
GCTC
750.09
2
235516091
rs112221358
G
A
34206.55
2
235516094
rs762097300
G
GCTGCTGCT,GCTGCTGCTGCT
427.13
| Mapping repeat track to Kaviar: |
|---|
Chr
Pos
dbSNP_ID
Ref
Alt
Qual
2
235516052
.
TCCTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG
TCCT
.
2
235516053
.
CCTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG
CCT
.
2
235516055
.
TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG
T
.
2
235516055
rs112761133
TCTG
TCTGCTGCTG,T
.
2
235516055
.
TCTGCTG
T
.
2
235516055
rs371694250
TCTGCTGCTGCTG
TCTGCTGCTGCTGCTGCTG,T
.
2
235516055
rs143837379
TCTGCTGCTGCTGCTG
T
.
2
235516055
rs368115058
TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG
TCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,TCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTG,T
.
2
235516056
.
CTGCTGCTG
CTGCTG
.
2
235516064
rs748943508
G
C
.
2
235516066
rs769861528
T
TGCG,TGCTGCG
.
2
235516070
rs189425965
G
C
.
2
235516070
rs58154921
G
GCTGCTC,GCTGCTGCTC,GCTGCTGCTGCTGCTGCTC
.
2
235516075
rs775397121
T
TGCTGCA,TGCTGCTGCTGCTCCTGCG
.
2
235516076
rs192425310
G
T
.
2
235516076
.
GCTG
GCTC
.
2
235516076
.
G
GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTT
.
2
235516083
.
C
G
.
2
235516084
.
T
C
.
2
235516085
.
G
C
.
2
235516085
rs202152399
G
GCTC
.
2
235516088
.
G
C
.
2
235516091
rs112221358
G
A
.
2
235516094
rs762097300
G
GCTGCTC,GCT
.