| General information of RDP00485 | |
|---|---|
| Gene Symbol: | RGPD1 |
| RefSeq ID: | NM_001024457 |
| Repeat coordinate: | chr2:87824743-87824767 (-) |
| Repeat size: | 8 |
| Repeat region: | intron |
| Repeat unit: | CGG |
| Repeat conservation: | PhastCons_score: 0.000; Repeat Conservation from UCSC Genome Browser |
| Amino acid sequence: | - |
| Gene expression and GO annotation: | BioGPS |
| Protein expression: | Human Protein Altas |
| Gene conservation: | Gene Conservation from UCSC Genome Browser |
| Mapping repeat track to gnomAD: |
|---|
Chr
Pos
dbSNP_ID
Ref
Alt
Qual
2
87824699
.
TGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCC
TGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCC,TGAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCC,TGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCC,T
3098.72
2
87824700
rs763540064
GAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCC
G,AAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCC
6974.97
2
87824706
.
GAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCC
GAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCC,GAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCC,G,GAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCC,GAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCC
321272.91
2
87824717
.
CGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAG
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315954.22
2
87824723
.
CGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG
C,CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG
322840.06
2
87824726
.
CGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG
C,CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG
320298.22
2
87824729
.
CCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG
CGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG,CGCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG,CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG,CGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG,C
363095.37
2
87824734
.
CAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCG
CAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCG,C
359183.20
2
87824736
.
GGCCGAGGCCGCCGCC
G
88403.71
2
87824744
.
C
T
35750.01
2
87824745
.
C
CGAG,CGCG
41194
2
87824746
.
GC
G
46390.69
2
87824747
rs200162825
C
A
34354.42
2
87824748
.
CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAG
TGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAG,GGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAG,C,CGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAG
37275.36
2
87824750
.
C
A
29144.13
2
87824751
.
CGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG
CGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG,GGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG,C,CGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG,CGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG
56518.70
2
87824753
.
C
A
44486.22
2
87824754
.
CGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG
CGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG,CGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG,CGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG,CGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG,C
51435.28
2
87824756
.
C
T
55988.07
2
87824757
.
CGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG
C,GGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG
57804.67
2
87824760
.
CGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG
C,CGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG
41226.36
2
87824763
.
CGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG
TGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG,CGCCGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAG,C
52937.01
2
87824766
.
CGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG
C
66393.30
2
87824767
.
GC
G,AC
78617.14
| Mapping repeat track to Kaviar: |
|---|
Chr
Pos
dbSNP_ID
Ref
Alt
Qual
2
87824714
.
GGCCGCCGCCGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGCC
G
.
2
87824745
.
C
T
.
2
87824745
.
C
CGAG
.
2
87824747
rs200162825
C
CCGT
.
2
87824748
.
C
G
.
2
87824763
.
CGCCGCCCGGCCAGGCCGAGGCCGAGGCCGAG
C
.