| General information of RDP00140 | |
|---|---|
| Gene Symbol: | GIPC1 |
| RefSeq ID: | NM_005716 |
| Repeat coordinate: | chr19:14496041-14496074 (-) |
| Repeat size: | 11 |
| Repeat region: | 5' UTR |
| Repeat unit: | CGG |
| Repeat conservation: | PhastCons_score: 0.032; Repeat Conservation from UCSC Genome Browser |
| Amino acid sequence: | - |
| Gene expression and GO annotation: | BioGPS |
| Protein expression: | Human Protein Altas |
| Gene conservation: | Gene Conservation from UCSC Genome Browser |
| Mapping repeat track to 1000 Genomes: |
|---|
Chr
Pos
dbSNP_ID
Ref
Alt
Qual
19
14496064
.
C
CGCCGCCGCT
100
| Mapping repeat track to gnomAD: |
|---|
Chr
Pos
dbSNP_ID
Ref
Alt
Qual
19
14496041
rs369219476
TCCG
T,TCCGCCG,TCCGCCGCCG,TCCGCCGCCGCCG,TCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCG,TCCGCCGCCGCCGCCG
8767294.01
19
14496043
.
C
CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCT
4344991.31
19
14496044
rs182395487
G
GCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCT,T
4350479.62
19
14496045
rs187836331
C
T
375752.94
19
14496046
.
CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCT
TGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCT,C,CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCT
354898.46
19
14496048
rs868235859
C
T
593471.25
19
14496049
.
C
T
180743.36
19
14496050
.
GCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCT
G
181083.49
19
14496051
.
C
T
156996.67
19
14496052
.
CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCT
C
156996.89
19
14496054
.
C
T
93833.68
19
14496055
.
C
CGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCT
98697.04
19
14496056
.
G
A
93231.86
19
14496058
.
CGCCGCCGCCGCCGCCGCT
C
68811.48
19
14496061
.
CGCCGCCGCCGCCGCT
CGCCGCCGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCT,CGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCT,CGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCT,C
42990.04
19
14496062
.
G
GCCGCCGCCGCCGCTGCCT
13355.03
19
14496064
rs534895121
CGCCGCCGCCGCT
CGCCGCCGCTGCCGCCGCCGCT,CGCCGCCGCCGCTGCCGCCGCCGCT,CGCCGCCGCCGCCGCCGCTGCCGCCGCCGCT,TGCCGCCGCCGCT,C
16961.75
19
14496067
.
CGCCGCCGCT
C,CGCCGCCGCTGCCGCCGCT
122900.52
19
14496070
.
CGCCGCT
C,CGCCGCCGCTGCCGCT
134710.39
19
14496071
.
G
A,T
134514.78
19
14496073
rs781618301
CGCT
C,CGCCGCTGCCTCCGCCTCCCCGTGCGCACCCGGCT
182279.73
19
14496074
.
GCTGCCT
GCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTGCCT,GCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCGCCTGCCT,GCCGCCGCCGCCGCCTGCCT,G,GCCTGCCT
186960.54
| Mapping repeat track to Kaviar: |
|---|
Chr
Pos
dbSNP_ID
Ref
Alt
Qual
19
14496041
rs71166735
TCCG
TCCGCCG,TCCGCCGCCG,T
.
19
14496041
.
TCCGCCG
TCCGTCG,T
.
19
14496041
.
TCCGCCGCCG
T
.
19
14496041
.
TCCGCCGCCGCCG
T
.
19
14496041
.
TCCGCCGCCGCCGCCG
T
.
19
14496041
.
TCCGCCGCCGCCGCCGCCG
T
.
19
14496044
rs182395487
G
T
.
19
14496045
rs187836331
C
T
.
19
14496045
.
CCGC
TCGC
.
19
14496047
.
G
T
.
19
14496047
.
GCCGCCG
T
.
19
14496047
.
G
GC
.
19
14496048
.
C
T
.
19
14496053
.
GCC
G
.
19
14496064
rs534895121
C
CGCCGCCGCT
.
19
14496067
.
CGCCGCCGCT
C
.
19
14496073
rs767160906
C
CGCA
.
19
14496073
rs781618301
CGCT
C
.