IGDB_OMICS_PANEL

我们课题组的研究方向包括:

1. 真核生物中microRNA调控机理的研究, microRNA 及其所调节的mRNA 的预测。
  MicroRNAs 是真核生物自身编码的一类长度为20- 25 nt的具有重要调节功能的小分子RNA。已知的microRNA 的主要生物学功能是通过序列互补性与它们的靶mRNA 相结合, 从而调节靶mRNA的表达水平。尽管近几年在microRNA的发现和功能研究上有了较大进展, 但我们对microRNA自身的转录调节机制仍知之甚少。我们拟发展新的算法来寻找microRNA前体中与转录相关的特征序列, 并以此作为依据来优化microRNA及其靶mRNA的预测方法。

2. Alternative splicing 和 alternative polyadenylation 机制的研究。
  选择性拼接 (alternative splicing) 和选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation)是两种常见的真核生物前体mRNA (pre-mRNA)转录后加工的方法,其结果是从一个前体mRNA (pre-mRNA) 上产生出不同的mRNA。 Alternative splicing 和 alternative polyadenylation 有可能是决定生物体种间差异的重要原因。我们希望能根据已知的alternative splicing 和 alternative polyadenylation 的数据,寻找出决定alternative splicing 和 alternative polyadenylation的因素,并以此来预测新的alternative splicing 和 alternative polyadenylation 的位点。同时我们也将设计生物学实验对部分预测结果进行证明。

3. Intron/Exon boundary 的确定和水稻基因组的重新分析。
  目前广泛使用的基因预测方法在确定外显子和内含子的边际上 (Intron/Exon boundary) 还远远不够精确。我们将采用生物信息学和实验生物学相结合的方法, 对部分水稻基因的Intron/Exon boundary进行测量,并以此为基础优化现有的基因预测方法,以提高对Intron/Exon boundary 预测的准确性。

  我们将与国内外的生物学家紧密合作,通过生物学实验来验证和优化我们的预测方法。
  欢迎有志于生物信息学和系统生物学的学生报考本实验室研究生。
Email: xjwang@genetics.ac.cn

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